Die Doctoral Academy untersteht dem Vizerektorat für Internationalisierung und Gleichstellung als zuständigem Mitglied des Rektorats.

Die Doctoral Academy fungiert neben ihren Servicefunktionen für alle Doktorand:innen und Betreuenden der Universität aus als institutionelles Dach für ihre Mitgliedskonsortien. In Bezug auf die Konsortienstruktur wird die Doctoral Academy durch einen bevollmächtigten Direktor/eine bevollmächtigte Direktorin sowie eine Stellvertretung repräsentiert. Dem Internal Advisory Board gehören die Forschungsdekan:innen sowie die Sprecher:innen der Konsortien an, das External Advisory Board besteht aus sechs internationalen Expert:innen im Bereich Nachwuchsförderung. (vgl. § 9 Gründungserklärung)